Lottstetten liegt im äußersten Süden Baden-Württembergs am Hochrhein, etwa 9 km vom Rheinfall entfernt. Der Ort zählt zur Region Klettgau. Die Gemeinde ist hinsichtlich ihrer Lage speziell in Deutschland: Sie befindet sich zusammen mit den Gemeinden Dettighofen und Jestetten im so genannten Jestetter Zipfel, der auf einer Länge von 55 km von der Grenze zur Schweiz umschlossen wird und vom offiziellen Fahrzeugverkehr nur über eine Landesstraße von Deutschland direkt zu erreichen ist, eine weitere direkte Straßenverbindung führt über Schweizer Hoheitsgebiet durch das Wangental. Wichtigste Verkehrsader bildet jedoch die B27. Das Gebiet ist entgegen dem Anschein dennoch keine Exklave. Der Bahnhof Lottstetten liegt an der Bahnstrecke Eglisau–Neuhausen, die hier über deutsches Territorium verläuft. Er wird nur von den SBB zu deren Tarif bedient. Die Rheinfähre Ellikon–Nack verkehrt von Nack (Gemeinde Lottstetten) nach Ellikon am Rhein (Gemeinde Marthalen) in der Schweiz. Nachbargemeinden Die Gemeinde grenzt im Norden an Jestetten, die Schweizer Gemeinden Rheinau und Marthalen im Kanton Zürich im Osten, Rüdlingen im Kanton Schaffhausen im Süden, und Rafz wieder im Kanton Zürich im Westen. Gemeindegliederung Zur Gemeinde Lottstetten gehören die Dörfer Lottstetten, Balm und Nack, die Weiler Dietenberg, das Gehöft Hardtweghöfe und die Häuser „Lottstetten-Landstraße, Zollamt“ und Nacker Mühle. Im Gemeindegebiet liegen die abgegangenen Ortschaften Blitzberg und Gaißberg.

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